Chưa đầy 2 năm, nguyên Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh ký 3 văn bản để Vinalines nắm 75% vốn điều lệ của Công ty TNHH MTV cảng Quy Nhơn, tiếp đến là bán hết phần vốn của Vinalines cho Công ty CP Cảng Quy Nhơn

Khi còn đương nhiệm, nguyên Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh là Trưởng Ban chỉ đạo đổi mới và phát triển doanh nghiệp và từng đánh giá cao về cổ phần hoá doanh nghiệp của Bộ GTVT thời ông Đinh La Thăng làm Bộ trưởng. Tuy nhiên, sau đó không lâu, nhiều sai phạm trong cổ phần hoá doanh nghiệp thuộc Bộ GTVT đã bộc lộ và nhiều cái tên đã được đưa ra, đặc biệt là sai phạm trong cổ phần hoá Cảng Quy Nhơn.