Nhiều người liên tục than phiền khi gặp các vấn đề liên quan đến ứng dụng Sổ sức khỏe điện tử. Có người không đăng ký được tài khoản sau khi đã tải app, có người đã tiêm mũi 2 nhưng chỉ cập nhật mũi 1, hoặc thậm chí có người tiêm đủ 2 mũi, đã cập nhật nhưng sau 1 đêm thành... chưa tiêm mũi nào.