Bên cạnh những mặt tích cực thì việc xếp hạng ĐH nếu làm không thận trọng sẽ mang lại tác dụng ngược như làm ảnh hưởng đến uy tín của một số trường.
Trong bảng xếp hạng 49 trường đại học do nhóm 6 chuyên gia độc lập công bố thì nhiều trường danh tiếng thuộc khối kinh tế lại xếp thứ hạng trung bình trở xuống.