Đến thời điểm hiện tại, ngành y tế ghi nhận có 6 ca tử vong rải rác ở miền Nam bao gồm Tây Ninh, Bến Tre, Đồng Tháp, Bình Dương, Đồng Nai, trong đó Tây Ninh chiếm 2 ca.
Ngày 19/11/2016, Sở Y tế tỉnh Đắk Lắk cho biết vừa có trường hợp tử vong do bệnh tay-chân - miệng là bé Êban Lý My Anh, 25 tháng tuổi, trú khối 1, thị trấn Krông Kma, huyện Krông Bông.