Giai đoạn thực hiện thí điểm tự chủ toàn diện gặp nhiều khó khăn vì vậy khi dừng tự chủ toàn diện theo Nghị quyết 33, thực hiện tự chủ theo Nghị định 60, Bệnh viện Bạch Mai đề xuất được thực hiện tự chủ ở nhóm 2.