Đạt số phiếu tuyệt đối 11/11, trọng tài Nguyễn Ngọc Châu (Bình Dương) đã đoạt danh hiệu Còi vàng mùa giải 2016. Danh hiệu Cờ vàng thuộc về trợ lý trọng tài Vũ Trường Xuân (Hải Phòng).