Sau khi bị thu hồi giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu, Bộ Tài chính có thông báo và gửi công văn đề nghị, đôn đốc Công ty Bách Khoa Việt thực hiện nghĩa vụ nộp hơn 107 tỷ đồng Quỹ BOG nhưng doanh nghiệp chỉ nộp hơn 1,6 tỷ đồng, số còn lại không còn khả năng thanh toán.