Là tài sản quốc gia và có nhiệm vụ đảm bảo an toàn chạy tàu, tuy nhiên do không được duy tu, bảo dưỡng theo định kỳ nên hiện hệ thống đường sắt chạy qua cầu Thăng Long, Long Biên đang xuống cấp trầm trọng. Việc này đang đe dọa đến an toàn chạy tàu và tuổi thọ công trình nhà nước.

Do hạ tầng Đường sắt Bắc - Nam lạc hậu nên số tiền 7.000 tỷ đồng được cấp thêm chỉ đủ để sửa chữa những hạng mục cấp bách.