Trước khi bị khởi tố, ông Phùng Đình Thực từng có vi phạm trong công tác tổ chức, cán bộ, thiếu trách nhiệm trong việc nhận xét đối với Trịnh Xuân Thanh khi Trịnh Xuân Thanh chuyển công tác về Bộ Công Thương.