Khi chuyến bay VN5311 (từ Narita - Nhật Bản về Hà Nội) đã bay được khoảng 40 phút và chuẩn bị qua Vịnh Tokyo thì Chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản nhận được 1 cuộc điện thoại lạ đe dọa.