Khi điều hành doanh nghiệp có vốn Nhà nước, ông Linh được cho là cùng thuộc cấp thành lập 3 công ty do người thân đứng tên để lấy gạo bán cho đối tác.
Khi làm tổng giám đốc doanh nghiệp 100% vốn nhà nước, Nguyễn Hùng Linh cùng thuộc cấp lập công ty con để xuất khẩu gạo theo kiểu “mượn đầu heo nấu cháo”, thu lợi trái phép tiền tỉ.