Nhiều ý kiến cho rằng các cơ sở rửa ôtô, rửa xe máy, sửa chữa ôtô, sửa chữa xe máy; nhà hàng, khách sạn chịu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt như cá nhân, hộ gia đình là không công bằng.

Để hạn chế ô nhiễm khi sử dụng ô tô, xe máy, Bộ Tài chính đã thu thuế bảo vệ môi trường với xăng dầu, thu thuế tiêu thụ đặc biệt với xăng dầu. Ngay cả ô tô cũng đã bị thu thuế tiêu thụ đặc biệt với mức rất cao. Cho nên nếu ô tô, xe máy “gánh” thêm phí bảo vệ môi trường đối với khí thải thì sẽ không hợp lý.