Theo đánh giá của Tổng cục Thuế, mặt trái của các chương trình ưu đãi đầu tư trong thời gian qua đã để “lọt” một số dự án đầu tư vào ngành công nghiệp, gây tàn phá, ô nhiễm môi trường, để lại hậu quả nặng nề và chi phí khắc phục vô cùng lớn mà phía Việt Nam phải gánh chịu.