Nguyên nhân nghi do đợt El Nino trong tháng 4 - 5 làm nước biển tầng đáy nóng lên. Hiện Ban quản lý Vườn quốc gia Côn Đảo đã kết nối với Viện Hải dương học Nha Trang tổ chức phối hợp khảo sát, đánh giá cụ thể, chi tiết hơn về tình trạng, nguyên nhân xảy ra vụ việc.

Thường trực Tỉnh uỷ Khánh Hoà đã chỉ đạo cơ quan chức năng địa phương tạm dừng hoạt động du lịch lặn biển trong Khu bảo tồn biển Hòn Mun và tìm giải pháp bảo vệ, phục hồi rạn san hô trong khu vực vịnh Nha Trang.