Kết luận của Thanh tra TP.HCM và điều tra của Công an xác định, công ty Tân Thuận, 100% vốn Nhà nước do Thành uỷ TP.HCM đã có những sai phạm nghiêm trọng mang tính hệ thống.

Kết luận thanh tra số 04/KLTTT-P6 (KL 04) của Thanh tra TP.HCM cho thấy, SAMCO mắc nhiều sai phạm trong hoạt động kinh doanh từ phía các công ty con: Công ty TNHH MTV Bến xe Miền Đông (Cty Bến xe Miền Đông) và Công ty TNHH MTV Cảng Bến Nghé (Cty Cảng Bến Nghé).