Theo Thanh tra Chính phủ, từ năm 2013 đến 2015, tổng số tiền học phí, lệ phí thu cao hơn và ngoài danh mục quy định của 6 đơn vị thành viên ĐH Quốc gia TP.HCM là hơn 81 tỉ đồng.