Bên cạnh những mặt tích cực thì việc xếp hạng ĐH nếu làm không thận trọng sẽ mang lại tác dụng ngược như làm ảnh hưởng đến uy tín của một số trường.
Sau khi nhóm chuyên gia công bố xếp hạng 49 trường ĐH Việt Nam, nhiều chuyên gia và chính các trường bắt đầu lên tiếng.