Trong Quy hoạch tổng thể Thủ đô với tầm nhìn 100 năm mới được thông qua, Hà Nội đưa ra nhiều giải pháp để giải quyết các tồn tại, điểm nghẽn gồm ô nhiễm môi trường, ùn tắc giao thông, úng ngập, trật tự văn minh đô thị, an toàn thực phẩm.

Đối với tình trạng ngập úng, thành phố định hướng xây dựng các công trình ngầm, giao thông ngầm. Đặc biệt, đề xuất nghiên cứu xây dựng một hệ thống "bể ngầm khổng lồ" đa năng. Với dung tích dự kiến lên tới khoảng 125 triệu m3, công trình này không chỉ đóng vai trò là nơi chứa nước mưa để giải quyết triệt để tình trạng ngập úng mà còn được thiết kế kết hợp với hạ tầng giao thông. 

Theo lộ trình định hướng, dự án quy mô lớn này dự kiến sẽ được triển khai trong giai đoạn từ năm 2036 đến 2045.

Hà Nội còn hướng tới việc xây dựng một hệ thống không gian ngầm đa tiện ích theo mô hình TOD (phát triển đô thị lấy định hướng giao thông công cộng làm trung tâm). Hệ thống này sẽ tích hợp đồng bộ từ giao thông, thương mại, bãi đỗ xe cho đến thoát nước. Các công trình ngầm sẽ được kết nối chặt chẽ với hệ thống giao thông vành đai, hướng tâm và xuyên tâm, kết hợp cùng các trạm bơm và mạng lưới thu gom nước để tạo nên một cơ chế vận hành hoàn chỉnh. 

Đặc biệt, mô hình đô thị ngầm còn được nghiên cứu ứng dụng tại các khu vực cải tạo chung cư cũ, nơi sẽ hình thành các ga tàu điện ngầm và trung tâm thương mại kết nối hiện đại.

Song song với các công trình ngầm, thành phố cũng chú trọng đến việc "thuận tự nhiên" thông qua việc bổ sung các hồ điều hòa tại những vùng trũng, thấp. Kế hoạch mở rộng các tuyến sông thuộc vành đai xanh và phát triển rừng kết hợp hồ chứa nước lớn cũng đang được tính toán kỹ lưỡng nhằm gia tăng dung tích trữ nước tự nhiên. 

Thành phố sẽ tiến hành xây dựng các trạm bơm công suất lớn. Trong các trường hợp khẩn cấp hoặc khu vực trũng thấp thường xuyên ngập úng, có thể sử dụng hệ thống bơm công suất lớn để chủ động bơm nước cho khu vực ngập.