Một số thời điểm trong năm để đáp ứng kịp thời các hợp đồng mua xăng dầu cho khách hàng, Xăng dầu Quân đội còn tiến hành mua ngoài của một số doanh nghiệp tư nhân không rõ thuộc hệ thống phân phối của doanh nghiệp đầu mối nào để cấp cho các Trạm trực thuộc và giao cho hệ thống đại lý.

Năm 2015, kết quả hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp này lãi lớn chủ yếu do chênh lệch thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt (thuế suất ATIGA) với mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) trong giá cơ sở của đơn vị với giá cơ sở theo liên Bộ Tài chính - Công Thương