Theo quy định, vị trí trạm thu phí phải có khoảng cách 70 km. Tuy nhiên theo Kiểm toán Nhà nước (KTNN), thực tế lại xảy ra tình trạng, trạm thu phí cho dự án đặt trên tuyến đường khác, dẫn đến việc người dân không đi trên đường được đầu tư bằng BOT vẫn phải trả phí cho nhà đầu tư.

Sau khi Kiểm toán Nhà nước điều chỉnh một số thông số đầu vào của phương án tài chính theo số liệu kiểm toán tại thời điểm 30/9/2016, thời gian hoàn vốn của dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội – Hải Phòng đã rút lại còn 28 năm 8 tháng 27 ngày (giảm 1 năm 3 tháng 3 ngày so với phương án tài chính điều chỉnh của dự án đang trình Bộ GTVT thẩm định).