Khi còn đương nhiệm, nguyên Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh là Trưởng Ban chỉ đạo đổi mới và phát triển doanh nghiệp và từng đánh giá cao về cổ phần hoá doanh nghiệp của Bộ GTVT thời ông Đinh La Thăng làm Bộ trưởng. Tuy nhiên, sau đó không lâu, nhiều sai phạm trong cổ phần hoá doanh nghiệp thuộc Bộ GTVT đã bộc lộ và nhiều cái tên đã được đưa ra, đặc biệt là sai phạm trong cổ phần hoá Cảng Quy Nhơn.

Ủy ban Kiểm tra Trung ương xác định nguyên Phó thủ tướng Vũ Văn Ninh có vi phạm, khuyết điểm trong việc quyết định chủ trương thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn Nhà nước tại Bộ GTVT.