Từ năm 2026, các sàn thương mại điện tử sẽ thực hiện khấu trừ và nộp thuế thay cho người bán ngay trên từng giao dịch, song những hộ, cá nhân có doanh thu cả năm vượt 3 tỷ đồng vẫn phải quyết toán cuối năm để xác định nghĩa vụ thuế thực tế.

Từ năm 2026, chính sách quản lý thuế đối với hoạt động kinh doanh trực tuyến sẽ bước sang giai đoạn mới, tác động trực tiếp tới hàng triệu cá nhân, hộ kinh doanh đang bán hàng trên các nền tảng số. Theo quy định mới, thuế bán hàng online 2026 sẽ không còn áp dụng phương thức thuế khoán quen thuộc mà chuyển sang kê khai, tính thuế dựa trên doanh thu thực tế phát sinh, tạo ra nhiều thay đổi đáng chú ý.

Theo Luật Thuế thu nhập cá nhân sửa đổi, hộ và cá nhân kinh doanh có doanh thu trên 500 triệu đồng mỗi năm sẽ thuộc diện phải nộp thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân. Điểm mới nằm ở chỗ, với người bán trên các nền tảng trực tuyến, sàn thương mại điện tử nộp thuế thay theo Nghị định 117/2025. Cơ chế này được kỳ vọng giúp minh bạch dòng tiền, hạn chế thất thu thuế trong lĩnh vực kinh doanh số.

Cụ thể, khi người mua hoàn tất thanh toán và đơn hàng được xác nhận thành công, hệ thống của sàn sẽ tự động khấu trừ thuế trên từng giao dịch. Khoản thuế này được tính trực tiếp trên doanh thu bán hàng trên sàn, sau đó sàn thương mại điện tử nộp thuế thay vào ngân sách nhà nước. Người bán không cần thao tác kê khai cho từng đơn lẻ như trước.

thuế 1s
Người tiêu dùng mua hàng trên một ứng dụng thương mại điện tử. Ảnh: Ngọc Diễm

Về mức thuế, thuế VAT áp dụng 1% đối với hoạt động kinh doanh hàng hóa, 3% với vận tải hoặc dịch vụ gắn với hàng hóa và 5% cho dịch vụ thuần túy. Thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân cư trú trong nước lần lượt là 0,5% với hàng hóa, 1,5% với vận tải, dịch vụ kèm hàng và 2% với dịch vụ. Với cá nhân nước ngoài bán hàng online tại Việt Nam, tỷ lệ này cao hơn, dao động từ 1% đến 5% tùy loại hình.

Một điểm khiến nhiều người bán chú ý là cách xác định doanh thu bán hàng trên sàn để tính thuế. Theo dự thảo nghị định hướng dẫn, doanh thu tính thuế bao gồm toàn bộ số tiền người mua trả, không phân biệt người bán thực nhận bao nhiêu. Các khoản như phí vận chuyển, trợ giá, chiết khấu, phí nền tảng đều được cộng vào doanh thu chịu thuế, dù sau đó bị khấu trừ.

Ví dụ, một chủ shop trên sàn thương mại điện tử đạt tổng doanh thu 259 triệu đồng trong một tháng. Sau khi trừ phí sàn, phí vận chuyển và các khoản hỗ trợ, số tiền thực nhận chỉ còn 196 triệu đồng. Tuy nhiên, thuế hộ kinh doanh online vẫn được tính trên doanh thu 259 triệu đồng. Với tổng thuế suất 1,5%, số tiền thuế phải nộp lên tới gần 3,9 triệu đồng.

Dù sàn thương mại điện tử nộp thuế thay, cơ chế này được xác định là tạm thu. Nếu tổng doanh thu cả năm của người bán dưới ngưỡng 500 triệu đồng, họ sẽ được hoàn lại phần thuế đã khấu trừ. Ngược lại, những trường hợp có doanh thu lớn cần đặc biệt lưu ý đến nghĩa vụ quyết toán thuế bán hàng online.

Theo quy định, hộ kinh doanh có doanh thu trên 3 tỷ đồng mỗi năm sẽ chuyển sang phương pháp tính thuế trên lợi nhuận, tức doanh thu trừ chi phí hợp lý. Thuế suất áp dụng là 17%. Trong trường hợp này, người bán vẫn phải thực hiện quyết toán thuế bán hàng online vào cuối năm để xác định số tiền thực tế phải nộp. Phần thuế đã được sàn khấu trừ trong năm sẽ được đối trừ khi quyết toán.

Đối với hoạt động bán hàng online không thông qua sàn, nghĩa vụ kê khai và nộp thuế vẫn thuộc về cá nhân, hộ kinh doanh. Việc này được thực hiện trên cổng thông tin điện tử dành riêng cho hoạt động thương mại điện tử, nhằm đảm bảo quản lý đồng bộ.

Tại một hội thảo gần đây, đại diện Cục Thuế cho biết, khi quyết toán thuế bán hàng online, người nộp thuế cần rà soát toàn bộ chi phí liên quan trong năm. Chỉ những khoản chi phí hợp lệ, có đầy đủ chứng từ mới được đưa vào xác định thu nhập chịu thuế. Đây là yếu tố then chốt để giảm áp lực thuế với những hộ kinh doanh doanh thu lớn.

Các chuyên gia cho rằng, thuế bán hàng online 2026 sẽ buộc người kinh doanh thay đổi thói quen quản lý tài chính. Việc lưu trữ hóa đơn, hợp đồng, sao kê thanh toán không dùng tiền mặt cần được thực hiện ngay từ bây giờ để tránh rủi ro khi quyết toán.

Liên quan trách nhiệm của nền tảng, đại diện Hội Tư vấn thuế Việt Nam lưu ý, sàn thương mại điện tử nộp thuế thay chỉ áp dụng khi có sự ủy quyền của người bán và được sàn chấp nhận. Nếu không có thỏa thuận này, người bán vẫn phải tự kê khai, nộp thuế theo quy định. Ngoài ra, việc sàn khấu trừ thuế không đồng nghĩa với việc xuất hóa đơn thay cho người bán, trừ khi có cam kết rõ ràng trong hợp đồng dịch vụ.